Việt sử Xứ Đàng Trong: Tổ chức chính quyền thời chúa Nguyễn
Chúa Thái Tổ vẫn giữ các cơ quan hành chính do triều Lê lập ra. Tuy nhiên, khi chúa Hy Tông lên ngôi, liền bỏ các cơ quan ấy.
Khu vực hành chính
Khi mới vào Thuận Hóa, Thái Tổ Nguyễn Hoàng đóng ở Ái Tử, chỗ gọi là dinh, các cơ quan chính quyền trung ương của xứ Thuận Hóa đều ở đó. Sau khi được kiêm lãnh xứ Quảng Nam (1570), chúa đặt dinh Quảng Nam. Từ “dinh” ở đây chỉ một khu vực hành chính. Đến thời chúa Hy Tông thì đặt thêm dinh Quảng Bình, dinh Trấn Biên, dinh Bố Chính. Khu vực mà chúa đóng dinh (từ đời chúa Hy Tông gọi là phủ) gọi là Chính dinh. Dinh hoặc phủ chúa dời từ Ái Tử đến Trà Bát (1570), đến phía đông dinh Ái Tử cũ (1600, gọi là dinh Cát), đến Phước Yên (1626), rồi Kim Long (1635), Phú Xuân (1687), Bác Vọng (1712), trở lại Phú Xuân (1739), và sau đó rời khỏi Ái Tử thì khu vực đó gọi là Cựu dinh (đất Quảng Trị ngày nay), còn Chính dinh là đất tỉnh Thừa Thiên ngày nay.
Đến chúa Thế Tông, lãnh thổ chia làm 12 dinh và 1 trấn như sau: dinh Bố Chính, tục gọi là dinh Ngói, ở làng Thổ Ngõa; dinh Quảng Bình, tục gọi là dinh Trạm ở làng An Trạch (nay thuộc H.Lệ Thủy, Quảng Bình); dinh Lưu Đồn tục gọi là dinh Mười, ở làng Võ Xá (H.Khương Lộc, nay là phủ Quảng Ninh); Cựu dinh ở xã Ái Tử; Chính dinh; dinh Quảng Nam, tục gọi là dinh Chiêm; dinh Phú Yên; dinh Bình Khương; dinh Bình Thuận; dinh Trấn Biên; dinh Phiên Trấn; dinh Long Hồ và trấn Hà Tiên. Dinh có Trấn thủ, Cai bộ, Ký lục để cai trị, trấn Hà Tiên có chức đô đốc trấn giữ. Hai phủ Quảng Ngãi, Quy Nhơn thuộc dinh Quảng Nam, thì đặt riêng chức Tuần vũ và Khám lý để cai trị. Dinh chia ra nhiều phủ, phủ gồm nhiều huyện, huyện gồm nhiều tổng, tổng gồm nhiều xã; các nơi gần núi rừng, dọc sông, biển thì đặt làm thuộc.
Chúa Hy Tông đặt ba ty là ty Xá sai, ty Tướng thần lại và ty Lệnh sử. Ở Chính dinh có ty Xá sai coi việc văn án từ tụng, có Đô tri và Kí lục đứng đầu, và 3 Câu kê, 7 Cai hợp, 40 Ty lại giúp việc. Ty Tướng thần lại có Cai bộ đứng đầu, coi việc thu tiền sai dư và lúa tô ruộng các xã Thuận Hóa, phát lương tháng cho các dinh đạo Lưu Đồn, dinh thủy và bộ Quảng Bình, dinh Bố Chính, phát tiền cho các quân cùng cấp lính các xã. Ty Lệnh sử có Nha úy đứng đầu, coi việc tế tự, lễ tiết, phát lương tháng cho quân ở Chính dinh và coi các quan điền, số nhân viên cũng như hai ty kia.
Ngoài ra, còn có ty Nội lệnh sử kiêm coi các thứ thuế. Ty này gồm hai ty Tả lệnh sử, Hữu lệnh sử chia nhau thu tiền sai dư của các xã hai xứ để nạp cho Nội phủ. Lại có ty Lệnh sử đồ gia để thu cất các đồ đạc, phẩm vật (như sắt, đồng, vàng, thiếc, đồ đồng, dầu sơn, than, gỗ...).
Chức tước và bổng lộc
Năm Mậu Dần (1638), chúa Thần Tông bắt đầu đặt các chức: Nội tả, Ngoại tả, Nội hữu, Ngoại hữu - gọi là Tứ trụ đại thần, là những chức cao nhất trong triều. Phủ có Tri phủ, huyện có Tri huyện đứng đầu, thuộc viên có Đề lại coi các văn án từ tụng, Thông lại để tra xét các từ tụng; Huấn đạo, Lễ sinh coi việc tế tự miếu văn thánh và các linh từ. Xã có Xã trưởng. Còn việc thu thuế ở các phủ, huyện, châu thì ban đầu có Chánh, Phó đề đốc, Chánh, Phó đề lãnh, Ký lục, Cai phủ, Cai tri, Ký phủ, Thư ký, Cai tổng, Lục lại chuyên lo.
Chúa Túc Tông giảm bớt nhân viên và thay đổi như sau: xứ Thuận Hóa mỗi phủ đặt 1 Đề đốc, 1 Đề lãnh, 1 Ký lục, 1 Cai phủ, 1 Thư ký; mỗi huyện đặt 3 Cai tri, 3 Thư ký, 4 Lục lại; mỗi tổng đặt 3 Cai tổng. Xứ Quảng Nam, mỗi phủ đặt 1 Chánh hộ Khám lý, 1 Đề đốc, 1 Đề lãnh, 1 Ký lục, 1 Cai phủ, 1 Thư ký; mỗi huyện đặt 1 Cai tri, 1 Thư ký, 2 Lục lại; mỗi tổng đặt 1 Cai tổng, thuộc có Ký thuộc.
Đời chúa Túc Tông, năm Bính Ngọ (1726), sai Ký lục Chính dinh Nguyễn Đăng Đệ đi tuần xét các phủ xứ Quảng Nam, định chức, lệ cho các thuộc mới lập. Ngạch hoạn quan (thái giám) cũng đã đặt ra. Thường thường, họ giữ sổ sách, thuế khóa, thu thuế, canh phòng nội cung và quản trị việc chi tiêu trong cung cấm.
Các quan viên không có thường bổng, chỉ được cấp ruộng, hoặc điền lộc, dân lộc, nhiêu phu làm ngụ lộc. Các phủ, huyện xử kiện tụng, bắt bớ, tra hỏi, được thu lễ của các đương sự cung đốn cho, các quan chức thu thuế được thu một món lúa, tiền của người nạp thuế nạp thêm. Ruộng ngụ lộc là ruộng cấp cho để cày cấy. Huân thích, quí thần mỗi người được cấp 10 mẫu, Chưởng cơ 5 mẫu, Cai cơ 4 mẫu, Cai đội 3 mẫu, Nội Đội trưởng 3 mẫu rưỡi, Ngoại Đội trưởng 2 mẫu rưỡi. Điền lộc là thu thuế ruộng ở mấy xã làm ngụ lộc, dân lộc là thu thuế thân ở mấy xã làm ngụ lộc; nhiêu phu là số dân được cấp theo hầu, người dân ấy phải nạp cho người được cấp một số tiền để thay thuế thân. Ví dụ như Chánh, Phó đề đốc được cấp mỗi người 20 nhiêu phu, thu tiền 27 quan, Đề lãnh được cấp 16 nhiêu phu, thu được 21 quan 6 tiền...
Các chức, lại, mỗi khi được bổ nhiệm, phải nạp các lễ như thượng lễ để dâng chúa, nội lễ để dâng nội cung, tiền lĩnh bằng, tiền ngụ lộc các quan, tiền đóng ấn, tiền trầu. Như Tướng thần phải nạp thượng lễ 35 quan, nội lễ 7 quan, tiền lĩnh bằng và tiền ngụ lộc các quan cộng là 7 quan; Xã trưởng phải nạp thượng lễ 30 quan, nội lễ 6 quan, tiền lĩnh bằng và tiền ngụ lộc các quan cộng là 5 quan...